土地增值税清算实务案例：合同与发票金额不一致的税务风险与应对策略

摘要：在房地产开发领域，合同流是指整个开发项目中所有合同文件，而发票流则是这一系列经济活动中开具和接收的所有发票记录。合同流与发票流一致，即确保合同条款与发票记载完全对应，这是验证交易是否真实发生的关键。在土增清算中，税务机关会将合同、发票是否一致作为判断交易合法性和发票可用性的重要依据，若两者不一致，可能导致企业无法正常抵扣，从而增加企业的纳税风险。

以下将通过实务案例，来探讨合同、发票金额金额不匹配所隐含的税务风险，以及在实际操作中如何把控此类风险。

案例概要：

甲房地产有限公司开发建设“梅园新居”项目，该项目于2015年3月1日在发改部门进行立项，2017年6月15日取得最后一张商品房预售许可证，并于2017年8月18日竣工验收，截止2020年4月，本项目已完成销售。企业在进行土地增值税清算时，列报部分成本总计272.5万元，包括：

1、与乙建筑设计咨询有限公司签订的设计合同，暂定金额247.5万元，按此金额全额开具发票并支付（相关合同下图1）；

2、与丙建筑工程有限公司签订的施工合同，合同约定一次性包死金额为10万元，已申报并支付金额25万元。（相关合同详见下图2）。

根据企业提交的测绘报告可知，项目总建筑面积为206,300平方米。

试根据上述信息分析，企业列支的上述成本存在什么问题？

案例解析：

1、企业与乙公司签订的施工图设计合同约定结算款按照房产测绘报告的面积计算，则最终设计费应为2,269,300.00（=206,300.00×11.00）元，企业在列支设计费时，按合同暂定金额全额列支，实际开票支付金额比合同约定金额多205,700元。

2、企业与丙公司签订的施工合同约定工程总价款一次性包死为100,000.00元，列支发票金额250,000.00元，开票金额超合同金额150,000.00元。

总结归纳：

在进行土地增值税清算的过程中，税务机关会对企业的各项成本费用进行严格的审核，尤其是关注合同流与发票流之间的一致性。以甲企业为例，其开票支付金额超过合同约定金额，尤其是上述施工工程，开票超合同150%，若无合理解释，极大可能被税务机关认定为“虚增成本”，进而导致纳税调整。

因此企业在日常管理中应重视并严格监控合同与发票是否一致。要强化合同管理，针对施工项目在执行过程中因客观因素导致的成本变动，企业应及时签订补充协议或修订原合同，明确变更内容。同时也要加强发票审核。对于因特殊情况导致的合同与发票差异，企业应及时与税务机关沟通说明，提供完整、合理的解释及相关证明材料，争取获得理解和认可。

政策依据：

《国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知》（国税发〔2009〕91号）

第二十一条第二款、第四款 审核扣除项目是否符合下列要求：

（二）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。

（三）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。

第二十三条第一款 审核前期工程费、基础设施费时应当重点关注：

（一）前期工程费、基础设施费是否真实发生，是否存在虚列情形。

第二十五条第一款  审核建筑安装工程费时应当重点关注：

（一）发生的费用是否与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载的内容相符。

《贵州省土地增值税清算管理办法》(贵州省地方税局公告2016年第13号)

第四十五条第一款 土地增值税清算扣除项目应当符合下列要求：

(一)经济业务应当是真实发生的，且是合法、相关的。

国家税务总局山东省税务局关于发布《国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法》的公告（国家税务总局山东省税务局公告2022年第10号）

第三十条第一款 房地产开发扣除项目应当符合下列要求： 

（一）扣除项目所归集的各项成本和费用，必须实际发生且取得合法有效凭证，未取得合法有效凭证的不得扣除。