土地增值税清算后成本处理的争议浅析

土地增值税清算是房地产开发项目税务管理的重难点。其中，项目完成清算后，若后续发生的归属于该项目的合理成本（如补付工程款、完善公共配套），能否追溯调整原清算结果并计算土地增值税额，容易引起税企争议。

这个问题会导致同一个项目因成本确认的时点不同，而产生显著的税负差异。下面通过案例进行说明：

一、成本确认时点如何左右最终税负

为直观展现差异产生的原因，通过一个土地增值税清算案例进行说明：

1. 案例背景情况

某房地产公司开发“湖畔苑”住宅项目，总可售面积50,000平方米。截至2025年6月，已销售45,000平方米（占比90%），触发土地增值税清算条件。清算申报相关数据如下：

清算申报关键数据如下：

转让收入：已售部分取得不含增值税收入135,000万元。

清算时确认的扣除项目：

土地使用权支付金额（按90%扣除）：20,000万元 × 90% = 18,000万元。

房地产开发成本（不含后续配套，按90%扣除）：55,000万元 × 90% = 49,500万元。

房地产开发费用（按已扣除的土地与成本之和的10%计算）：(18,000 + 49,500) × 10% = 6,750万元。

加计扣除（20%）：(18,000 + 49,500) × 20% = 13,500万元。

与转让房地产有关的税金：假设为 675万元。

首次清算过程：

扣除项目金额总计 = 18,000 + 49,500 + 6,750 + 13,500 + 675 = 88,425万元。

增值额 = 135,000 - 88,425 = 46,575万元。

增值率 = 46,575 / 88,425 × 100% ≈ 52.67%。

适用税率40%，速算扣除系数5%。

首次清算应纳税额 = 46,575 × 40% - 88,425 × 5% = 14,058.75万元。

清算后，2025年12月，公司就项目内一所按规划必须配建的小学，与施工方完成最终结算，支付尾款并取得合规票据，成本为2,000万元。

同时，剩余5,000平方米尾盘售罄，取得不含增值税收入15,000万元，发生相关税金75万元。

此时，2,000万元的小学配套成本应如何处理，将导致截然不同的税务结果。

2.不同处理方式税收计算

（1）处理方式一：严格分次清算，后续成本不得追溯

这种模式下，后续发生的成本只能与尾盘销售收入按配比扣除。

尾盘销售扣除额计算：

单位可售面积成本 = (土地使用权成本 + 前期开发成本) / 总可售面积 = (20,000 + 55,000) / 50,000 = 1.5万元/平方米。

尾盘扣除项目金额 = (尾盘面积 × 单位成本) + 对应比例的费用与加计扣除 + 尾盘税金 = (5,000 × 1.5) + (5,000 × 1.5 × 30%) + 75 = 9,825万元。

尾盘销售税务计算：

增值额 = 15,000 - 9,825 = 5,175万元。

增值率 ≈ 52.67%，适用税率40%，速算扣除系数5%。

尾盘应纳税额 = 5,175 × 40% - 9,825 × 5% = 1,578.75万元。

项目整体总税负 = 14,058.75 + 1,578.75 = 15,637.5万元。

（2）处理方式二：假如允许二次清算，成本整体扣除

这种模式下，允许将2,000万元后续成本计入项目总成本，对整个项目进行重新计算。

调整后项目总扣除项目：

总开发成本调整为：55,000 + 2,000 = 57,000万元。

房地产开发费用调整：(20,000 + 57,000) × 10% = 7,700万元。

加计扣除调整：(20,000 + 57,000) × 20% = 15,400万元。

税金总额：675 + 75 = 750万元。

扣除项目总额 = 20,000 + 57,000 + 7,700 + 15,400 + 750 = 100,850万元。

调整后整体清算：

总收入 = 135,000 + 15,000 = 150,000万元。

总增值额 = 150,000 - 100,850 = 49,150万元。

总增值率 = 49,150 / 100,850 × 100% ≈ 48.74%，适用税率30%。

整体清算应纳税额 = 49,150 × 30% = 14,745万元。

3. 两种处理模式税负差异总结
通过对比，两种处理方式导致最终税负产生巨大差异。允许二次清算（处理方式二）因扣除更充分，企业整体税负更低。因此，核心争议在于，企业是否有权要求税务机关按处理方式二进行调整。

二、地方实践分歧

截至目前，对于清算后取得合规凭证的支出能否启动二次清算，国家层面并未出台统一、明确的处理规定。国家税务总局2026年第3号《公告》主要统一了预征与清算的衔接、尾盘销售计算等征管流程，但未直接触及这一历史争议。

实践中，这导致全国各地税务机关的操作口径不一，企业面临显著的“税收不确定性”。

由于没有明确的政策规定，多数税务机不支持二次清算。但也有部分地区以规范性文件或实践口径形式，对此问题作出了有限度的突破。

例如，浙江省就有规定，在清算审核结论出具后一定期限内（如36个月），企业就清算时未支付、清算后取得凭证的支出，可申请调整清算结果。这实质上为“二次清算”开了一个口子。

文章来源:财赋洞见