土地增值税清算-个人挂靠施工方、发票不合规

案例：秦皇岛某项目，主要施工期2013.6-2015.12，开发商甲与施工方乙签订主体工程施工合同，同时与某自然人A签订绿化合同，与某自然人B签订防水工程，但是在土地增值税清算过程中，发现开发商收到的发票都是施工方乙开具的，包括自开票和代开票，由于项目在2016年4月竣工，在16.5.1（营改增后）又取得部分增值税发票。现就在清算过程中遇到的疑点进行分析：

1、开发商收到的所有工程类发票（含绿化和防水工程）都是施工方乙开具的，通过核实，乙方的企业所得税是定率征收，再进一步查看付款凭证发现，开发商对施工工程进行付款时都是付给个人，而非施工方乙，绿化和防水工程款分别付给了A和B，同时主体工程的工程款分别付给了刘某、张某、曹某等人，且所有以上的这些自然人都不是施工方乙的员工，很明显，该项目包含主体工程在内都是个人挂靠的施工方乙方，施工方存在虚开发票的风险，另外，根据国税发2008 30第9条规定：纳税人的生产经营范围、主营业务发生重大变化，或者应纳税所得额或应纳税额增减变化达到20％的，应及时向税务机关申报调整已确定的应纳税额或应税所得率。施工方集中开票应纳税所得额或应纳税额增减变化是否达到20％。对以上施工的个人，收入和成本是如何核算的，相关税费是否缴纳。

2、开发商收到的增值税发票备注栏中未表明建筑服务发生地县（市区）名称及项目名称，根据国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告（国家税务总局公告2016年第70号）的规定：在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。