土地增值税清算实务案例：土增清算中的质量保证金能否扣除？
摘要：在建设工程合同中，为了确保工程验收后的质量问题，合同双方一般都会约定质量保证金条款。质量保证金是建设单位与施工单位在建设工程承包合同中约定或施工单位在工程保修书中承诺，在建筑工程竣工验收交付使用后，从应付的建设工程款中预留的用以维修建筑工程在保修期限和保修范围内出现的质量缺陷的资金。那么，质量保证金能否在土地增值税清算中扣除呢？本文通过一个实务案例与大家一起交流探讨。
关键词：“质量保证金”“土地增值税”“工程施工合同”
案例概要：
某房地产企业开发A房地产项目，该项目于2021年9月竣工，2022年12月进行土地增值税清算。房地产企业与甲、乙、丙三家公司分别签订了工程施工合同，均约定了质量保证金条款，合同情况如下表所示：
1.与甲公司签订给水工程合同，质保期为2年，并就质量保证金开具了合规发票，相应款项已支付；
2.与乙公司签订雨污水管网工程合同，质保期为2年，质量保证金款项已支付，但未开具相应发票；
3.与丙公司签订智慧小区工程合同，质保期为2年，并就质量保证金开具了相应发票，但未提供支付凭证。
试分析上述质量保证金能否在土地增值税清算中扣除？
案例解析：
根据国税函[2010]220号文件规定，“建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除”。
1.甲公司就质量保证金对房地产企业开具了合规发票，且相应款项已经支付，因此质量保证金允许在土地增值税清算时扣除；
2.乙公司未就质量保证金开具发票，根据政策规定，未开具发票的质量保证金不允许扣除；
3.丙公司就质量保证金开具了发票，但未提供支付凭证，这种情况下质量保证金也是可以扣除的。根据政策规定，未支付的质量保证金，只要取得了相应的发票，就允许在土地增值税清算时扣除。
总结归纳：
通过对案例的分析以及相关政策的规定可知，质量保证金能否在土地增值税清算时扣除，其关键在于是否开具了合规的发票。已开具发票的，按发票金额予以扣除；未开具发票的，即使已预留或约定，也不能在土地增值税清算中扣除。
土地增值税中开发成本的扣除，均以取得合法合规的发票为前提，这一原则性问题，在政策文件中多次提到，例如“合法有效凭证”、“实际发生”等字眼。这就要求我们房地产开发企业在项目开发过程中，进行成本合同的内容规范和成本发票的严格审查，确保成本发票的合规性和真实性，以免造成不必要的损失。
我们注意到，案例中的丙公司已就质量保证金开具了发票，在质保期内，无论开发商是否支付此笔款项，质量保证金均允许扣除。但对于除质量保证金之外的成本费用的扣除条件，在政策文件中，出现了“实际发生”一词（如《土地增值税清算管理规程》第二十一条第一款“在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除”），对于“实际发生”是否应以实际支付为条件、已开票未支付是否符合“实际发生”的要求，各地税务局的执行口径也有所不同。因此，已开票未支付的成本能否扣除，应以当地主管税务机关的口径为准。
政策依据：
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第二条
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第（一）款
《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第二十一条第（一）（二）款
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