问：清算期间仍未支付的成本如何处理？是否允许扣除？
答案
答：按照《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第（一）款规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。” 除了税法规定的质量保证金等例外情形，土地增值税清算成本项目的扣除原则遵循的是 “实际发生+实际支付” 的原则。
清算的时候如果还是有部分未结算未付款的，以广州为例，根据《广州市地方税务局关于印发土地增值税清算工作若干问题处理指引[2012年修订版]的通知》（穗地税函[2012]198号）第七条的规定：“关于土地增值税清算时，扣除项目金额支付的截止时间问题，符合187号文第二条清算条件的，原则上以满足应清算条件之日起或者接到主管税务机关清算通知书之日起90日内，为计算扣除项目金额支付的截止时间。对于在上述期限内有关扣除项目仍未支付完毕的，房地产开发企业可向主管税务机关递交申请报告，经清算小组合议确定后可延长扣除项目金额支付的截止时间，但不得以此影响清算审核进度，清算审核结束前仍未支付的，不予扣除。”
参考
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第（一）款
《广州市地方税务局关于印发土地增值税清算工作若干问题处理指引[2012年修订版]的通知》（穗地税函[2012]198号）第七条
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