转让全资持有的主要为房地产的企业股权，是否需要缴纳土地增值税？

实务中，转让全资持有的主要资产为房地产的企业股权，是否需要缴纳土地增值税，始终是征管与企业申报中的核心争议点。该争议源于税法规定的原则性与实务交易形式的复杂性，结合相关政策规定、地方执行口径、司法实践及具体案例，可清晰厘清其中逻辑与实操困境。

首先厘清税法基本规定与争议焦点。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》，土地增值税的征税对象是直接转让国有土地使用权、地上建筑物及其附着物的行为。从法律形式来看，股权转让仅涉及股东权益的变更，不直接导致土地权属转移，通常不属于土地增值税的应税范围。但实践中，部分企业通过转让股权的形式，实质实现房地产权属的间接转移，即“名股实地”交易，此时税务机关可能依据“实质重于形式”的征管原则，对该类交易进行纳税调整，征收土地增值税，这便是争议的关键所在。

国家税务总局曾通过三个个案批复，对特定场景下的“名股实地”交易作出征税明确。具体包括《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号）、《国家税务总局关于土地增值税相关政策问题的批复》（国税函〔2009〕387号）、《国家税务总局关于天津泰达恒生转让土地使用权土地增值税征缴问题的批复》（国税函〔2011〕415号），这些批复均明确，当股权转让标的公司的主要资产为土地使用权、地上建筑物及附着物，且股权转让比例较大时，可认定为实质转让房地产，需依法征收土地增值税。

需特别注意的是，该类批复仅针对特定案例作出，未上升为普遍适用的规范性文件，其法律效力仅限于个案本身。同时，该类批复中“实质重于形式”的征管逻辑，与《中华人民共和国土地增值税暂行条例》中“仅对直接转让房地产行为征税”的原则性规定存在潜在冲突，这也导致后续地方征管口径不一、实务争议频发。

其次，地方执行口径差异显著，进一步加剧了实务操作的不确定性，主要分为明确征税与明确不征税两大阵营。

明确征税的地区，主要以湖南、广西等地为代表，其征管口径直接参照国家税务总局前述个案批复精神，对“名股实地”行为征收土地增值税。例如湖南省明确规定，控股股东以转让股权名义实质转让房地产，且无正当理由的，应比照总局相关批复，按实质转让房地产行为征收土地增值税。

明确不征税的地区，则更强调税收法定原则，严格遵循《中华人民共和国土地增值税暂行条例》的原则性规定，认为股权转让不直接导致土地权属转移，原则上不征收土地增值税。例如重庆市明确规定，企业股权变动未导致房地产权属转移的，不征收土地增值税；安徽、福建、湖北等地也出台类似口径，明确区分股权转让与房地产转让的法律边界，不对“名股实地”行为普遍征税。

除地方征管口径差异外，司法实践与税务机关的征管倾向也存在明显博弈，双方的分歧集中在“法律形式”与“交易实质”的优先适用上。

从司法实践来看，法院更倾向于尊重交易的法律形式，明确区分股权转让与土地使用权转让的法律边界。最高人民法院在多起相关判例中均明确该观点，例如在“马庆泉、马松坚与湖北瑞尚置业有限公司股权转让纠纷一案”中，法院认为股权转让仅导致标的公司股东变更，不直接涉及土地使用权转让，不构成土地增值税应税行为；类似地，在“四川三岔湖旅游快速通道投资有限公司与刘贵良股权转让纠纷一案”中，法院认定股权转让合同合法有效，交易性质为股权转让，不涉及土地增值税的征收。

从税务机关的征管倾向来看，部分地方税务机关为强化反避税，通过个案批复或地方征管指引的形式，扩大“实质重于形式”原则的适用范围。例如江苏“翡翠公司股权转让案”中，税务机关经核查认定，股权转让标的公司主要资产为房地产，股权转让实质是土地使用权转让，据此要求纳税人补缴土地增值税，该案引发业界广泛争议，进一步凸显了司法与征管之间的分歧。

实务中，“明股实地”转让若涉及土地增值税，面临很多的操作问题：第一，谁是土地增值税的纳税义务人？若为股权转让方，若持股公司注册地与土地所属地不一致，是持股公司在土地所在地进行登记缴纳还是在其注册地缴纳？第二，后续土地会进行房地产开发，开发完成后需要进行土地增值税清算，可能再次缴纳土地增值税，那么股权转让环节缴纳的土地增值税视同预缴金额参与汇算，多退少补吗？前股东缴纳的土地增值税在项目公司参与清算，合适吗？

我们来看下面一个模拟案例。

【案例5】“明股实地”转让土地增值税：一场政策与实操的双重混乱

一、案例背景：看似合规的“股权转让”，实为“土地买卖”

2023年3月，A房地产开发公司（注册地：江苏省南京市，以下简称“A公司”）持有一块位于浙江省杭州市的住宅用地（以下简称“杭州地块”），土地原值1.2亿元，已完成土地平整（未开发），市场评估价3.5亿元。

B房地产集团（注册地：上海市，以下简称“B集团”）欲获取该地块开发住宅项目，但为规避直接转让土地的高额税费，与A公司股东张某、李某协商：不直接转让杭州地块，而是由B集团收购A公司100%股权（A公司无其他资产，主要资产仅杭州地块），股权转让价款3.5亿元，实质为“明股实地”转让。

交易前，税务顾问提示：若被认定为“以股权转让名义转让房地产”，需缴纳土地增值税。B集团与张某、李某约定：由股权转让方（张某、李某）承担土地增值税，且后续项目清算时，该税款需抵扣清算应纳税额。

二、争议爆发：谁来缴税？在哪缴税？——纳税义务人及申报地的混乱

第一步：税务机关认定“明股实地”需缴土地增值税

2023年5月，股权转让完成后，杭州税务局通过“税源监控系统”发现：A公司股权100%转让，且主要资产为杭州地块，符合“以股权转让名义转让房地产”的实质（参考《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函〔2000〕687号），要求“纳税人”申报缴纳土地增值税。

第二步：纳税义务人“互相推诿”

股权转让方（张某、李某）抗辩：我们转让的是A公司股权，而非土地使用权，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定的“纳税人”是“转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人”，我们不是“土地转让方”，不应缴税；

A公司（股权受让后由B集团控制）抗辩：A公司从未转让土地，土地使用权仍在A公司名下，只是股东变更，A公司没有“转让行为”，不应缴税；

杭州税务局态度：交易实质是转让杭州地块，税款必须在土地所在地（杭州）缴纳，但“纳税人”需明确——若认定张某、李某为纳税人，两人是自然人，且户籍在南京，需在杭州申报；若认定A公司为纳税人，A公司注册地在南京，却要在杭州缴纳“非本公司转让行为”的税，政策无明确依据。

最终，经3个月协商，杭州税务局强制要求股权转让方张某、李某作为“实质纳税人”，在杭州申报缴纳土地增值税（因土地在杭州，税源归属地优先）。

第三步：计算并缴纳土地增值税（股权转让环节）

转让收入：3.5亿元（股权转让价款，视为土地转让收入）；

扣除项目：土地原值1.2亿元+股权转让环节印花税17.5万元（3.5亿元×0.05%）=12017.5万元；

增值额：35000-12017.5=22982.5万元；

增值率：22982.5÷12017.5≈191.2%（适用税率50%，速算扣除率15%）；

应缴土地增值税：22982.5×50%-12017.5×15%=11491.25万元-1802.63万元=9688.62万元。

2023年8月，张某、李某以个人名义在杭州税务局缴纳了9688.62万元土地增值税，取得完税凭证（纳税人名称为“张某、李某”，纳税地点为“杭州市税务局”）。

三、二次混乱：项目清算时，前股东缴的税“认不认”？——税款衔接的荒谬

第二步：B集团开发项目，面临土地增值税清算

2025年6月，A公司（B集团控制）完成杭州地块住宅开发，项目总销售收入12亿元，发生开发成本3.8亿元（建安、设计等）、开发费用0.6亿元，需进行土地增值税清算。

根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》，清算时扣除项目包括：土地原值+开发成本+开发费用+转让环节税费+加计扣除（土地+开发成本）×20%。

初步计算扣除项目：1.2亿元（土地）+3.8亿元（开发成本）+0.6亿元（开发费用）+印花税60万元（12亿元×0.05%）+（1.2+3.8）×20%=1.2+3.8+0.6+0.006+1=6.606亿元；

清算增值额：12亿元-6.606亿元=5.394亿元；

清算增值率：5.394/6.606=81.65%（适用税率40%，速算扣除率5%）;

清算应缴土地增值税：5.394×40%-6.606×5%=1.8273亿元。

第二步：B集团要求抵扣“前股东缴的9688.62万元”，遭税务局拒绝

B集团提出：股权转让环节已缴纳9688.62万元土地增值税，实质是为“杭州地块”缴纳，应视为“预缴款”，在清算时抵扣，即实际补缴1.8273亿元-0.968862亿元=0.858438亿元。

但杭州税务局明确拒绝，理由有三：

纳税人主体不一致：清算时的纳税人是A公司（土地使用权人），而此前缴纳税款的是张某、李某（前股东），两者是独立纳税主体，“前股东的税不能抵扣后公司的税”；

税款性质不同：股权转让环节的税款是“按实质转让土地征收”，而清算环节的税款是“按房地产开发销售征收”，两者适用的计税依据、扣除项目完全不同，无“预缴”衔接政策；

完税凭证无法匹配：张某、李某的完税凭证上“纳税人”是个人，无法计入A公司的“已缴税款”，且A公司账面无该笔税款支出，无法税前扣除。

第三步：荒谬结局：同一地块“重复缴税”，前股东税款“打水漂”

最终，A公司按清算结果缴纳1.8273亿元土地增值税，无任何抵扣；

前股东张某、李某缴纳的9688.62万元土地增值税，既不能抵扣A公司的税款，也无法在个人所得税中扣除（因是“为股权转让实质缴纳的土地增值税”，而非个人所得税税前扣除项）；

同一杭州地块，先后缴纳土地增值税合计9688.62万元+18273万元=27961.62万元，相当于土地原值（1.2亿元）的2.23倍，且前股东的税款成为“无意义支出”，完全违背税收公平原则。

四、案例荒谬点

一是纳税义务人模糊不清。交易名义为股权转让，实质为土地转让，导致“谁应缴税”无明确政策依据，最终需依赖税务机关强制认定，违背税收法定原则，也给企业带来极大的合规风险。

二是申报地点矛盾重重。当持股公司注册地与土地所在地不一致时，税款依法需在土地所在地缴纳，但纳税人无论是前股东还是外地注册公司，在异地申报缴税时均无明确实操路径，大幅增加企业的合规成本与申报难度。

三是税款衔接完全断裂。股权转让环节征收的土地增值税，与后续房地产开发清算环节的土地增值税，无任何政策层面的衔接规定，导致同一地块被重复课税，前股东缴纳的税款无法抵扣、无法退税，成为无效支出，违背税收效率原则。

四是计税逻辑自相矛盾。股权转让环节按“土地直接转让”计税，无法扣除任何开发相关成本；后续开发清算环节按“房地产开发销售”计税，可扣除开发成本及加计扣除，两者计税逻辑无关联、无衔接，进一步加重企业整体税负，也凸显了政策设计的漏洞。

需特别提醒的是，尽管“名股实地”交易存在诸多政策矛盾与实操困境，但实践中确实存在部分地区对该类交易征收土地增值税的征管口径。因此，纳税人在重组过程中，若计划通过“名股实地”形式转让房地产相关权益，务必事前咨询项目所在地税务机关，明确当地征管口径，充分评估税收风险，提前做好交易架构设计与风险防控，尽量降低实操中的税收争议与合规成本。

文章来源：苍生观税团队