总公司拿地交由分公司开发是否可以抵减土地价款？

房地产开发企业以总公司名义拿地，总公司先行支付土地价款（取得的财政收据抬头为总公司），后又成立分公司，以分公司名义开发房地产项目，分公司按一般计税方法计算缴纳增值税时是否可以从销售额中抵减上述土地价款？

1、云南国税：2016.10.8曲靖开发区国税关于下发营改增问题解答摘编（十二）的通知：（六）房地产企业跨县市从事房地产项目开发，在项目地注册了分支机构（分公司），土地价款由总机构支付，项目地分支机构在计税缴纳增值税，能否扣除总机构支付的土地价款？答：可以。

2、河北国税：2016年10月11日关于全面推开营改增有关政策问题的解答之七：房地产开发企业分公司在项目发生地作为独立纳税人缴纳增值税的，因总公司与政府签订开发合同，土地价款由总公司名义支付，房地产开发企业分公司可凭土地出让金凭证原件按规定扣除土地出让价款。

3、宁夏国税：2016.6.17全面推开营改增政策指引（三）：房地产开发企业以总机构名义竞拍土地并支付土地价款，交由分支机构开发的，相关的土地价款允许按照政策规定在分支机构进行扣除。

4、山东国税：2016.5.31全面推开营改增试点政策指引（七）：房地产开发企业以总机构的名义竞拍土地，并支付土地价款，交由分支机构开发，则相关的土地价款允许按照政策规定在分支机构进行扣除。

从上述有关税务机关的答复来看：总公司拿地，交由分公司开发，分公司按照一般计算方法计算缴纳增值税时，可以凭总公司缴纳的土地出让金抵减增值税销售额。是完全符合“营改增”立法精神。但实践中，通常容易与财税〔2016〕140号中的“项目公司”相混淆。

财税〔2016〕140号规定：“房地产开发企业(包括多个房地产开发企业组成的联合体)受让土地向政府部门支付土地价款后，设立项目公司对该受让土地进行开发，同时符合下列条件的，可由项目公司按规定扣除房地产开发企业向政府部门支付的土地价款。（一）房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司；（二）政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变；（三）项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。”文件中的“项目公司”是指独立的法人公司，并且是房地产企业100%控股的项目公司。该政策立法的背景是：根据国土资源部于2006年5月31日发布的《招标拍卖挂牌出让国有土地使用权规范（试行）》（国土资发〔2006〕114号）第十条第（二）款第6项“申请人竞得土地后，拟成立新公司进行开发建设的，应在申请书中明确新公司的出资构成、成立时间等内容。出让人可以根据招标挂牌出让结果，先与竞得人签订《国有土地使用权出让合同》，在竞得人按约定办理完新公司注册登记手续后，再与新公司签订《国有土地使用权出让合同变更协议》；也可按约定直接与新公司签订《国有土地使用权出让合同》”也就是说，按照出让国有土地使用权的规定，对土地竞得人竞得的土地，可以通过三方签订变更协议或补充合同，将土地的初始产权直接登记在新的法人公司名下。这样一来，就会出现土地出让金票据与土地使用权人“两张皮”。新公司后期开发需要抵减土地价款，为解决土地出让金票据与土地使用权人不一致的问题，因此，财税〔2016〕140号明确：同时符合三个条件的，可由项目公司（是指新成立的法人公司）按规定扣除房地产开发企业向政府部门支付的土地价款。三个条件：一是房地产开发企业、项目公司、政府部门三方签订变更协议或补充合同，将土地受让人变更为项目公司；二是政府部门出让土地的用途、规划等条件不变的情况下，签署变更协议或补充合同时，土地价款总额不变；三是项目公司的全部股权由受让土地的房地产开发企业持有。