昆明市中院:在建工程受让土地增值税扣除规则司法认定：转让方已使用的成本基数，受让方不得重复计取土增税开发费用及20%加计扣除。
[导读]
在建工程受让后的土地增值税扣除是房地产实务中的涉税难点。本案二审判决明确相关裁判规则：在建工程转让方已用作计算基数的成本，受让方不得重复计取土地增值税开发费用及20%加计扣除。该裁判结合土增税立法目的与各地征管实践作出认定，也为房企在建工程收购业务的税务合规提供重要参考。
一、法院查明事实
1. 经开区税务局对云南某某公司开发的某某小区C10?1#地块项目作出土地增值税清算审核的《税务事项通知书》，核定应补土地增值税71019579.23元，该公司已足额缴纳该笔税款；其不服该通知向昆明市税务局申请行政复议，市税务局作出复议决定维持原税务事项通知书。某某公司遂提起一审行政诉讼，一审驳回其全部诉讼请求，该公司提起上诉。
2. 案涉项目原开发主体山水公司将在建工程转让给上诉人某某公司，山水公司在转让该在建工程进行土地增值税申报时，已经将取得土地使用权支付金额、房地产开发成本作为基数，计算了10%房地产开发费用扣除以及20%加计扣除。
3. 案涉在建工程转让实质伴随国有土地使用权转让，某某公司受让在建工程后，以自己名义立项继续开发案涉房地产项目。
4. 经开区税务局清算流程完整：下达清算通知、开展清算辅导、受理申报、要求补正资料、税企交换审核意见、召开见面会保障陈述申辩权，经集体审议后出具清算审核结论；市税务局行政复议受理、答复、延期、作出复议决定、送达等全部程序符合法定要求。
5. 国家、云南省、昆明市均无正式规范性文件，明确规定在建工程受让方可以将转让方已经使用过的基数再次用于房地产开发费用、20%加计扣除的计算。税务机关办案过程中提及的“省市统一口径”，属于税务机关对税法的内部理解和征管实践，不属于法定的规范性文件。
二、本案争议焦点
房地产开发企业整体购入在建工程后继续开发销售，进行土地增值税清算时，转让方在建工程清算环节已经用于计算10%房地产开发费用扣除、20%加计扣除的成本基数，受让方是否可以再次作为基数重复计算房地产开发费用扣除及20%加计扣除。
衍生争议：
1. 受让在建工程支付的款项，法律性质是否等同于直接取得土地使用权的地价款；
2. 税务机关依据内部征管口径作出调整是否合法，能否申请对该“省市统一口径”进行规范性文件附带审查；
3. 一审是否存在举证责任分配、提级管辖等程序违法问题；
4. 土地增值税20%加计扣除属于税收优惠还是单纯扣除项目，不同纳税主体之间是否禁止重复适用。
三、一、二审裁判观点
（一）一审裁判观点
1. 经开区税务局、市税务局具备作出案涉清算审核、行政复议的法定职权，税务清算、复议程序合法。
2. 现行法律法规、地方规范性文件，没有规定在建工程受让方可以把受让在建工程的支付价款，作为房地产开发费用、财政部规定其他扣除项目（20%加计扣除）的计算基数；依据税收法定、法无授权不可为原则，不支持上诉人重复计算扣除的主张。
3. 被诉税务文书并未直接引用所谓“省市统一口径”，上诉人未能明确该口径的具体文本内容，故对规范性文件附带审查申请不予准许。
（二）二审裁判观点
1. 审理对象是案涉土地增值税清算审核《税务事项通知书》及维持该行为的行政复议决定书，核心审查案涉扣除基数的税务处理合法性。
2. 现行法规没有专门针对在建工程二次转让后受让方土增税扣除基数的细化条文。不允许同一成本基数二次计算开发费用扣除、20%加计扣除：
? 符合土地增值税抑制房地产投机、调节土地增值收益的立法目的；若允许重复扣除，企业可以多次转让在建工程人为放大扣除基数，侵蚀国家税基，造成征管漏洞；
? 加计扣除、房地产开发费用按比例计算扣除，属于对房地产开发企业的倾斜性政策，不能随意扩大政策适用范围；
? 国内多地税务征管实践均采取不允许重复扣除的处理口径，本案税务机关处理和通行实践保持一致；
? 所谓“省市统一口径”只是税务机关对法律的理解和征管实践，不属于法定规范性文件，故不支持附带审查申请；交易双方关于税款分担可自行在民事交易中约定。
3. 税务机关清算程序保障了企业陈述、申辩权利，复议程序合法；本案不属于法定应当提级管辖案件，一审不存在程序违法。
四、二审裁判结果
驳回上诉，维持一审判决；二审案件受理费50元，由上诉人云南某某公司负担，本判决为终审判决。
五、逢诚律税提示[税合规 财安全]
1. 在建工程收购阶段做好土增税税负预判，完善交易合同约定
在建工程收购应当充分考虑部分地区不允许重复扣除的征管现实，收购尽调中将土地增值税纳入税负测算，把潜在补税风险纳入对价谈判，在转让合同中明确约定税负承担及补偿机制，规避后续大额补税风险。
2. 税收遵从层面：无明确成文政策时，尊重属地通行征管口径，积极开展税企沟通，留存全部沟通证据
当税法条文对复杂交易没有直接明确规定时，地方税务机关会形成统一征管实践口径。企业不可以仅从自身理解出发，直接套用对自身有利的理论观点；清算过程中应当充分行使陈述申辩权利，针对清算调整意见提交完整书面异议及证据材料，完整留存会议记录、交换意见回执等资料；对税务机关调整有异议的，及时通过复议、诉讼途径维权，但应当预判司法裁判会尊重成熟的属地征管实践。
3. 区分民事交易法律关系与税法纳税规则，不能以民事法律定性直接等同于土地增值税扣除规则
即便民事上在建工程转让实质是土地使用权转让，民事合同、不动产权证能够证明受让取得土地使用权，不代表当然可以直接适用土增税实施细则中“转让方式取得土地使用权”全部扣除待遇。税法有独立的评价体系，企业不能直接用民事法律的定性推导土地增值税扣除项目与基数；对于复杂并购、在建工程收购，建议事前向主管税务机关咨询，必要时开展涉税专业服务机构专项税务论证，防范税会差异、民税认知差异带来的补税风险。
云南省昆明市中级人民法院
行 政 判 决 书
（2025）云01行终238号
上诉人（原审原告）：云南某某公司，住所地：中国（云南）自由贸易试验区昆明片区经开区。
被上诉人（原审被告）：国家税务总局昆明经济技术开发区税务局，住所地：云南省昆明市经济技术开发区信息产业基地12号投资集团4楼。
被上诉人（原审被告）：国家税务总局昆明市税务局，住所地：云南省昆明市西山区西昌路124号。
上诉人云南某某公司（以下简称“某某公司”）诉被上诉人国家税务总局昆明经济技术开发区税务局（以下简称“经开区税务局”）、国家税务总局昆明市税务局（以下简称“市税务局”）征缴税款一案，不服云南省昆明市西山区人民法院（2024）云0112行初118号行政判决，向本院提起上诉。本院受理后，依法组成合议庭公开开庭审理了本案。本案现已审理终结。
某某公司向一审法院提出以下诉讼请求：
1.撤销经开区税务局作出的《国家税务总局昆明经济技术开发区税务局税务事项通知书》（昆经税税通〔2023〕×号），并责令经开区税务局依法对案涉项目重新作出土地增值税清算审核结论；
2.撤销市税务局作出的《国家税务总局昆明市税务局行政复议决定书》（昆税复决字〔2024〕×号）；3.本案诉讼费由被告承担。
一审法院认定以下案件事实：
经开区税务局于2023年4月4日作出《税务事项通知书》（文号：昆经税税通〔2023〕×号）通知某某公司其开发的某某小区C10-1#地块项目（项目编号：×），已符合土地增值税清算条件，请其自收到本通知之日起90日内办理土地增值税清算申报。于2023年6月5日向某某公司送达《税务事项通知书》（文号：昆经税通〔2023〕×号）对“某某小区C10-1#地块”项目开展清算辅导，进行政策宣传、权利义务告知。2023年8月2日，某某公司进行系统申报。
2023年10月9日，经开区税务局作出《税务事项通知书》（文号：昆经税税通〔2023〕×号）受理某某公司清算申报资料，并于同日送达某某公司。2023年10月9日，经开区税务局向某某公司送达《税务事项通知书》（文号：昆经税税通〔2023〕×号），通知其补正资料。于2023年11月7日送达《税务事项通知书》（文号：昆经税税通〔2023〕×号），就清算审核交换意见，告知某某公司审核中发现的问题，并要求就所告知事项提交书面核对意见和相关资料。
2023年12月1日，经开区税务局召开见面会，听取某某公司陈述意见，保障了某某公司对项目清算事项的陈述申辩权利。经集体审议后，经开区税务局于2023年12月15日作出《税务事项通知书》（文号：昆经税税通〔2023〕×号），通知某某公司：本机关已完成对你单位报送的某某小区C10-1#地块项目（项目编号：×）土地增值税清算资料的审核，现将审核结论通知如下：1.转让房地产收入总额1,265,177,138.27元；2.扣除项目合计1,040,282,976.23元；3.应缴土地增值税税额86,488,494.41元；4.减免税额：0元；5.已缴土地增值税15,468,915.18元；6.应补（退）土地增值税71,019,579.23元；7.项目总可售面积：189069.91平方米，清算时已出售面积：175429.16平方米，清算后剩余可售面积：13640.75平方米；8.单位建筑面积成本费用，普通住宅：6,068.82元/平方米；非普通住宅：0.0元/平方米；其他类型房地产：5,083.86元/平方米。经开区税务局于同日向某某公司送达该《税务事项通知书》。
某某公司于2024年3月14日缴纳税款71,019,579.23元。
某某公司于2024年3月28日向市税务局提交《行政复议申请书》。同日，市税务局作出昆税复受字〔2024〕×号《行政复议受理通知书》并送达某某公司。
2024年4月2日，市税务局向经开区税务局送达《行政复议答复通知书》，要求经开区税务局10日作出书面答复并提交作出行政行为的证据、依据和其他有关材料。
2024年4月15日，经开区税务局向市税务局提交了行政复议答复书及相关证据材料，后某某公司查阅了经开区税务局提交的行政复议答复书和相关材料后，提交了书面陈述意见。
2024年5月23日，市税务局作出昆税复延字〔2024〕×号《延期审理通知书》并送达某某公司，于2024年5月24日送达经开区税务局。
2024年6月24日，市税务局经依法调查和审理，作出昆税复决字〔2024〕×号《行政复议决定书》，决定维持经开区税务局作出的昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》，于2024年6月26日送达某某公司，于2024年6月28日送达经开区税务局。
另查明，案涉某某小区C10-1#地块项目，原开发单位云南山水房地产开发有限公司（以下简称“山水公司”）已于2019年7月10日向国家税务总局昆明市盘龙区税务局进行土地增值税纳税申报时，申报过取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本的计算扣除和财政部规定的其他扣除项目的加计扣除。其申报的取得土地使用权所支付的金额为222,372,711.99元、房地产开发成本为64,377,586.71元。取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本计算扣除：（222,372,711.99元+64,377,586.71元）*10%=28,675,029.87元；财政部规定的其他扣除项目的加计扣除（222,372,711.99元+64,377,586.71元）*20%=57,350,059.74元。
案涉项目，某某公司于2018年9月26日取得《建设工程规划许可证》，于2020年1月16日取得最后一个预售许可证。
一审法院认为，
首先，关于被告是否具有作出案涉行政行为的法定职权的问题。
《中华人民共和国税收征收管理法》第五条第一款规定，“国务院税务主管部门主管全国税收征收管理工作。各地国家税务局和地方税务局应当按照国务院规定的税收征收管理范围分别进行征收管理。”第十四条规定，“本法所称税务机关是指各级税务局、税务分局、税务所和按照国务院规定设立的并向社会公告的税务机构。”《土地增值税清算管理规程》第五条规定，“主管税务机关应及时对纳税人清算申报的收入、扣除项目金额、增值额、增值率以及税款计算等情况进行审核，依法征收土地增值税。”某某公司住所地和案涉某某小区C10-1#地块项目所在地均位于昆明市经济技术开发区。经开区税务局作为主管税务机关，依照法律规定负有对其开发房地产项目土地增值税征收管理的法定职责，具有对某某公司作出土地增值税清算审核行政行为的法定职权。《中华人民共和国行政复议法》第二十七条，“对海关、金融、外汇管理等实行垂直领导的行政机关、税务和国家安全机关的行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。”市税务局作为经开区税务局的上一级税务机关，其有权受理某某公司不服经开区税务局行政行为的复议申请，并依法审查后作出行政复议决定的职权。
其次，关于计算土地增值税时，案涉在建工程购置成本能否作为房地产开发费用计算扣除和财政部规定的其他扣除项目加计扣除的基数的问题。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第三条规定，“土地增值税按照纳税人转让房地产所取得的增值额和本条例第七条规定的税率计算征收。”第四条规定，“纳税人转让房地产所取得的收入减除本条例第六条规定扣除项目金额后的余额，为增值额。”第六条规定，“计算增值额的扣除项目：（一）取得土地使用权所支付的金额；（二）开发土地的成本、费用；（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；（四）与转让房地产有关的税金；（五）财政部规定的其他扣除项目。”
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、‘三通一平’等支出。建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。
其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。
（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。
（六）根据条例第六条（五）项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和，加计百分之二十的扣除。”以上规定明确了土地增值税清算中计算增值额的扣除项目是取得土地使用权所支付的金额和开发成本、费用，条例实施细则第七条更是详列了具体可扣除的细项。
本案中，某某公司受让的是在建工程，而非取得土地使用权，在建工程转让方山水公司已于2019年7月10日申报某某小区C10-1#地块土地增值税时，将取得土地所有权支付的金额和开发成本作为“房地产开发费用”按10%计算扣除的基数，也作为“财政部规定的其他扣除项目”加计20%扣除的基数。现行法律法规均未规定允许房地产开发企业因受让取得在建工程支付的金额可作为“房地产开发费用”计算扣除的基数及“财政部规定的其他扣除项目”加计扣除的基数，云南省、昆明市目前也无相关规范性文件对此问题予以明确。
“法无授权不可为”是行政机关依法行政的基本原则，《中华人民共和国税收征收管理法》第三条关于“税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。”之规定，亦明确了税务机关进行税收征收管理须按照法律的规定或授权执行。故，在法律法规无明确规定，云南省、昆明市也无相关规范性文件的情况下，对某某公司关于将受让取得在建工程支付的金额作为“房地产开发费用”计算扣除的基数及“财政部规定的其他扣除项目”加计扣除的基数的观点不予支持。
另，经审查，经开区税务局对本案土地增值税清算审核的行为并未违反法定程序，市税务局的行政复议行为亦未违反法定程序。
综上所述，某某公司的诉请撤销案涉税务事项通知书和行政复议决定书，无事实及法律依据，不予支持。
关于某某公司提出的附带规范性文件进行合法性审查的申请。
《中华人民共和国行政诉讼法》第五十三条规定，“公民、法人或者其他组织认为行政行为所依据的国务院部门和地方人民政府及其部门制定的规范性文件不合法，在对行政行为提起诉讼时，可以一并请求对该规范性文件进行审查。”在经开区税务局和市税务局作出的行政文书中以及在本案答辩过程中并未明确其作出的具体行政行为系依据“全市统一口径或全省统一口径”，且某某公司亦并未明确“全市统一口径或全省统一口径”的具体内容，故对其提出的对“全市统一口径或全省统一口径”进行合法性审查的申请，不予准许。
一审法院遂依据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条之规定，判决：
驳回某某公司的诉讼请求。
案件受理费50元，由某某公司负担。
上诉人某某公司不服一审判决向本院提出以下上诉请求：
1.撤销一审行政判决书；
2.改判支持上诉人一审的诉讼请求；
3.一、二审诉讼费用由被上诉人承担。
事实及理由：
一、一审判决事实认定错误。
（一）对在建工程款的法律性质认定错误。
第一，从法律规定上看，支付的在建工程款，就是取得土地使用权支付的地价款。
上诉人受让山水公司在建工程从事房地产开发，并因房地产开发项目土地增值税清算审核引发诉讼。《中华人民共和国城市房地产管理法》第二条第二款、第三款规定，“本法所称房屋，是指土地上的房屋等建筑物及构筑物。本法所称房地产开发，是指在依据本法取得国有土地使用权的土地上进行基础设施、房屋建设的行为。”在建工程就是已依法取得国有土地使用权及附属之上未完工的房屋等建筑物、附着物等，即在建工程只是物的状态、表象，而非物本身，物的本身就是土地使用权及附属之上的未完工的附着物。
《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十八条第六项规定，“未依法登记领取权属证书的房地产，不得转让”，《城市房屋权属登记管理办法》规定，“提交房屋竣工验收资料才能办理房屋权属登记”。故案涉“在建工程转让”转让的标的物只能是“国有土地使用权”。
《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十九条第二款规定，“未按土地使用权出让合同规定的期限和条件投资开发、利用土地的，土地使用权不得转让。”第二十三条规定，“土地使用权转让时，其地上建筑物、其他附着物所有权随之转让。”
《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十九条第二项规定，房地产开发、转让以出让方式取得土地使用权的，应当完成开发投资总额的百分之二十五以上。即在我国现有法律框架内，土地使用权是不能单独转让的，必须在投资达到一定标准后与附属于地上的物一并转让。由此受让通过出让方式取得的土地使用权，应一并受让土地上投资形成的其他权，否则，在法律上不可能发生土地使用权的转让（司法裁定等特殊情形除外）。由此，受让地上之物是取得出让土地使用权的必须承担，取得土地使用权的代价为土地使用权转让款与地上之物的价值之和。因此，上诉人取得山水公司转让的土地使用权所支付的地价款就是支付的受让在建工程所支付的款项。
第二，案涉在建工程转让，实质就是国有土地使用权转让。
根据上诉人与山水公司签订的《土地使用权转让协议》，上诉人报送的《国有土地使用权转让申请书》《国有建设用地使用权转让承诺书》《国有建设用地使用权转让公示函》，以及相关行政管理部门作出的《关于昆国用〔2012〕第×号国有土地使用权转让的批复》（昆经开〔2018〕×号）、《不动产权证》（云〔2018〕呈贡区不动产权第×号）、《投资项目备案证》《建设用地规划许可证》《建设工程规划行政许可证》《建筑工程施工行政许证》《商品房预售许可证》《云南省建设工程规划核实意见》《昆明市建设工程竣工验收备案证明书》等，证明了案涉项目在取得国有土地使用权前提下，通过立项、报规、报建等行政许可，才有了案涉项目的房产开发和销售。在建工程转让的实质就是山水公司将自己通过出让取得的位于经开区某某C10-1#（宗地编号×）的案涉土地依法转让给上诉人，上诉人支付的受让在建工程转让的款项就是为取得土地使用权而支付的地价款。同时证明了案涉房地产开发项目，是在取得山水公司转让的其出让取得的国有建设用地使用权基础上，经对该宗地办理《建设用地规划许可证》《建设工程规划行政许可证》依法取得的房地产开发项目，从项目的出生、实施，到销售经营以及纳税义务的履行，主体皆是上诉人，不是山水公司。案涉项目与山水公司原立项开发项目在法律上是两个完全独立的项目，不是被上诉人所说的同一项目。
《国家税务总局关于发布<房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）第三条规定，“房地产开发企业以接盘等形式购入未完工的房地产项目继续开发后，以自己的名义立项销售的，属于本办法规定的销售自行开发的房地产项目”，佐证前述事实。因此，将山水公司原项目与上诉人的案涉房地产项目作为同一房产开发项目的行为，与事实相违，与法相悖。
第三，从土增税税收规定上看，在建工程款就是土地使用权转让款。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条第一项规定，“（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。”《国家税务总局关于印发<土地增值税宣传提纲>的通知》（国税函发〔1995〕110号）第五条第二款第一项规定，“取得土地使用权所支付的金额。包括纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。具体为：以出让方式取得土地使用权的，为支付的土地出让金；以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地时按规定补缴的出让金；以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款。”土地使用权的取得只有三种方式出让、划拨、转让，基于未达到一定投资比例，不准转让土地使用权的法律规定，《国家税务总局关于印发<土地增值税宣传提纲>的通知》才规定“以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款”，而非出让、划拨方式下的“支付的土地出让金”。
对此，案涉房地产开发项目应当按照以转让方式取得土地使用权的，支付的地价款应作为扣除项目基数的前述规定，将受让山水公司“在建工程”所支付的款项即地价款依法作为房地产开发费用扣除基数及其他扣除费用加计扣除基数，计算土地增值税。
第四，被上诉人的自身行为佐证了在建工程转让款就是取得国有土地使用权的地价款。
经开区税务局作出的《“某某小区C10-1#地块”项目初审报告》《“某某小区C10-1#地块”项目审核报告》，对上诉人根据《评估报告》就入账时归集于建筑安装工程费、开发间接费、前期工程费、基础设施费的购入在建工程成本（即在建工程款），认定为归集错误，并全部调整归入土地成本（地价款），就此调增案涉项目土地成本113,457,574.92元，经调整后，审定案涉项目取得土地使用权所支付的金额为323,996,122.16元，并以此作出《国家税务总局昆明经济技术开发区税务局税务事项通知书》（昆经税税通〔2023〕×号）。
综上，一审判决将土地使用权即土地，也就是“物”，与“在建工程”（未完工）即物的状态对立，以物（土地）不是物的状态（“在建工程”未完工）来证明“土地使用权（土地）”不是“在建工程”，进而否定上诉人以支付的在建工程款作房产开发费用及其他扣除事项加计扣除的基数计算土地增值税扣除金额行为的合法性，有悖房地产交易基本法律逻辑。还应强调的是，就支付山水公司的在建工程款，上诉人根据“在建工程”状况和功能，按照《评估报告》的内容，将支付的款项归集到了土地成本、建筑安装工程费、开发间接费、前期工程费、基础设施费合法有效，按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条的规定，这些费用也应作为案涉项目房地产开发费用及其他扣除事项的加计扣除基数。
对此，被上诉人所作的计算基数调出（减）行为，也是错误的。再从字面讲，“在建工程”包括物化土地，取得该物化土地使用权需付出对价，按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例》《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》的规定，该支付也应该作为房地产开发费用及其他扣除事项加计扣除的计算基数。由此，被上诉人的案涉行政行为不合法，一审法院对此所作认定错误。
（二）对关键证据属性认定错误。
一审法院认定被上诉人区税务局提交的第二组证据“属于本案调查过程中产生的程序性文书”，背离证据内容实质。《现场工作会会议记录》《合议会会议记录》等证据明确记载被上诉人以“市局或省局统一口径”认定案涉在建工程转让款不得重复作为扣除和加计扣除基数，否定上诉人受让在建工程款的扣除资格，并声称“政策无明文规定，系按内部口径执行”。该内容直接证明被上诉人作出行政行为缺乏法律依据的事实。该证据并非单纯的程序记录，而是被上诉人作出行政行为的核心事实依据。《“某某小区C10-1#地块”项目初审报告》《“某某小区C10-1#地块”项目审核报告》中，被上诉人将上诉人支付的在建工程款的归集从“开发土地的成本和费用”调整至“取得土地使用权所支付的金额”，该调整行为直接涉及税收性质认定，属于实体处理而非程序事项。一审法院将上述证据简单归类为程序性文书，掩盖了被上诉人违法行政的实质，属事实认定错误。
（三）对被上诉人以“市局口径”“省局口径”作为案涉行政行为的事实认定错误。
根据经开区税务局《某某小区C10-1地块项目税征交换意见座谈含会议记录》《会议记录》《土地增值税项目合议结论通知》，被上诉人认为对案涉项目“在建工程”款不能作相应扣除计算基数，在于“政策上没有明文规定不允许企业二次加计扣除，系按照全市统一的口径、省市局统一口径作出”，被上诉人提交的《行政复议答复书》第四条第一项“对本项目审核时，系按照全市统一的政策口径执行，为保证税负公平，区局无权自行扩大政策外延或执行标准。”被上诉人市税务局在庭审中也向法庭证实，成本调减行为没有政策依据，是按照市税务局口径作出的，并强调下级税务机关执行上级税务机关要求，这就是执法公平的体现。
由此，被上诉人之所以作出《税务事项通知书》《行政复议决定书》，皆基于“全市统一的政策口径”的规定，虽然在《税务事项通知书》《行政复议决定书》中没有“全市统一的政策口径”，但根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发〔2009〕91号）的规定，房地产开发项目土地增值税的清算审核是建立在税务机关通知清算、纳税人清算两个阶段之后的第三个阶段，包括对纳税人清算申报的受理（也称清算审核受理）、初审、复审三个环节。清算审核内容包括对销售收入、开发成本、开发费用、与转让房地产有关的税金、国家规定的其他扣除项目等，《初审报告》《审核报告》《审核结果》以书面形式作出，因此，土地增值税的清算审核是不可分割的有机整体，不能孤立看某一单个行为或表面。《税务事项通知书》（昆经税税通〔2023〕×号）仅是土地增值税清算审核的最后一个行为，是初审、审核后的结果表现，属于审核的象，如数学计算一样，是前面计算步骤的最后结论，是前述因的果。按照被上诉人提供的证据，《税务事项通知书》是基于《会议记录》《土地增值税项目合议结论通知》作出的，即在“政策上没有明文规定不允许企业二次加计扣除，系按照全市统一的口径、省市局统一口径作出”。对此，一审判决对上诉人提出的“对全市统一口径或全省统一口径进行合法性审查”的申请，不予准许，结论错误。如果坚持以《税务事项通知书》《行政复议决定书》没有具体适用“全市统一口径或全省统一口径”，否认二被上诉人以“口径”作出案涉争议行为的事实，那《税务事项通知书》没有适用法律规范或适用规范错误，《行政复议决定书》则事实认定错误。
（四）对土地增值税扣除项目法律属性的认定错误。
一审判决不认可上诉人的扣除基数和加计扣除基数的原因在于建工程转让方已将该基础作为可加计扣除基数，结合被上诉人的观点，那就是案涉扣除基数和加计扣除基数是税收优惠。同一项目，税收优惠不能重复享受，但该认定是错误的。
第一，根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》，加计扣除与税收优惠分属不同条款，前者是计算增值额的扣除项目，后者是减免税政策，二者法律性质截然不同。加计扣除不属于税收优惠。
第二，《土地使用权转让合同》《土地权属登记》以及案涉房开项目的立项、报规、报建行政许可等证明案涉项目与山水公司项目不属于“同一项目”。
第三，“同一项目不得重复享受优惠”，无法律依据。土地增值税是财产和行为税，不是链条税，转让方与受让方是不同纳税主体，各自独立计算土地增值税。没有法律规定前一行为享受了优惠，后面则需冲抵。
第四，退一步讲，即便认为存在“重复计算”，根据税收法定原则，在无明文禁止情况下，税务机关无权自行创设限制性规定。
第五，被上诉人应根据事实和法律规定依法征税，而不是因为案涉在建工程转让的转让方在申报纳税时已将该交易金额作为开发费用扣除基数和其他扣除的加计扣除基数，受让方就不得享受，该判断违背依法行政的基本原则。同时还违反了“加计扣除是为保证开发商基本投资回报”的《土地增值税宣传提纲》（国税函发〔1995〕110号）立法目的有关规定。且按照法律规定，由于“在建工程”属法律禁止交易对象，那转让方取得扣除和加计扣除基数缺失税收规定。
（五）房地产开发费用的计算基数应与其他扣除事项的加计扣除计算基数保持一致的事实认定错误。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第七条第三项规定，“开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除......凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。”开发费用计算基数仅是从制度上确定的房开企业计算开发成本的办法，不属于税收优惠。因此，税务机关在土地增值税清算审核时，只需按照事实和依据予以审核，而不需与加计扣除基数保持一致。被上诉人以“保持与加计扣除计算基数一致”作出的调整行为，属于事实错误，适用规范错误。
二、一审判决法律适用错误。
（一）错误将内部口径作为定案依据，违反“税收法定”基本原则。
基于被上诉人提交证据、庭审答辩以及上诉人提交的《附带规范性文件合法性审查申请书》所附证据，被上诉人多次承认其执法依据是“省市统一口径”，一审判决仍维持被上诉人以口径作出的行政行为，属于法律适用错误。如以案涉《税务事项通知书》《行政复议决定书》没有列明所适用省市口径，否定前述行政行为是根据口径作出的，那《税务事项通知书》则没有适用法律规范或适用的法律规范错误。
（二）忽视上位规范规定，限制纳税人法定扣除权。
根据《国家税务总局关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》第五条，以转让方式取得土地使用权的，支付的地价款属于“取得土地使用权所支付的金额”，依法应作为房地产开发费用及加计扣除的基数。一审判决未采信上诉人提交的该规定，反而以“无明确规定”为由否定上诉人权利，属于法律适用错误。
（三）错误理解“法无授权不可为”原则，颠倒行政机关举证责任。
“法无授权不可为”针对的是行政机关的职权边界，而非纳税人权利。对于纳税人而言，法无禁止即可为。《中华人民共和国税收征收管理法》第三条强调的是税务机关必须依法征税，而非允许税务机关在无禁止性规定时限制纳税人权利。一审法院以“法律法规无明确规定”为由否定上诉人扣除权，却忽视了《中华人民共和国税收征收管理法》第三条“税收的开征、停征......依照法律的规定执行”强调的是税务机关必须依法征税，而非允许税务机关在无禁止性规定时限制纳税人权利（行政机关限制纳税人权利必须有明确法律依据），亦非要求纳税人举证存权。
本案中，被上诉人调减扣除项目一直未提供法律、法规或规章依据，其行为已构成违法。一审法院将举证责任倒置分配给上诉人，要求其证明“允许扣除”，违反《中华人民共和国行政诉讼法》第三十四条“被告对作出的行政行为负有举证责任”的规定以及《全面推进依法行政实施纲要》（国发〔2004〕10号）的基本原则。
三、一审判决程序违法。
（一）审判方向错误，错误分配举证责任。本案诉讼应当围绕审查行政行为作出的程序是否合法，事实是否清楚、证据是否确凿，适用法律依据是否准确，处理是否适度、合理等予以审查，审查不允许作为“加计扣除的基数”行为是否有明确法律规定，而不是审查上诉人“加计扣除的基数的观点”是否成立。即使上诉人“加计扣除的基数的观点”不成立，那也不能证明被上诉人作出的行政行为合法。故，一审审判程序错误。多份证据已明确，被上诉人系根据省市口径作出行政行为，但一审判决却以上诉人未提供该口径为由，否定上诉人的合法诉请，属错误分配举证责任。
（二）应当提级审判而未提级。
本案涉及在建工程转让土地增值税处理的重大法律争议，被上诉人以内部口径作出不利行政相对人的行为，且全国多地税务机关对此有明确相反规定（如渝财税〔2015〕93号），通过提级审判，可溯源解决全国执法标准统一问题，更好实现平等、公平。根据《最高人民法院关于加强和规范案件提级管辖和再审提审工作的指导意见》，此类案件依法应当提级管辖。一审法院未依法申请提级，导致案件审理层级不足，影响裁判质量。
被上诉人经开区税务局答辩称，
一、本案土地增值税清算过程中，上诉人整体购入在建工程后继续投入资金开发建设并进行土地增值税清算时，对于其购入在建工程时支付的价款允许计入扣除项目，但在建工程转让方转让在建工程并进行土地增值税清算时，其已就取得土地使用权所支付的金额及开发成本按10%计算扣除房地产开发费用，以及作为加计扣除20%基数的部分，上诉人在土地增值税清算中不得重复计入基数进行计算扣除及加计扣除。一审判决对此认定事实清楚、适用法律正确。理由如下：
1.土地增值税清算中的计算扣除与加计扣除是针对房地产开发企业而给予的一项特别纳税调整事项，其体现的内涵是对房地产开发企业通过计算扣除方式，将复杂的房地产开发费用（销售费用、管理费用、财务费用）通过上限计算扣除方式予以简化，并减轻纳税人就该部分房地产开发费用繁杂的资料、凭证、证据的收集整理提交；同时，对房地产开发纳税人，准予对取得土地使用权支付的金额及开发成本加计20%扣除。其中，按照10%计算扣除是简化税收征管环节，加计20%扣除是针对房地产开发企业特定纳税人给予的一项特殊税收优惠措施，税收优惠措施直接体现的结果是通过加计扣除金额的方式，达到对纳税人应缴税款的减免。
2.计算扣除以及加计扣除均属于“税收法定”事项，经开区税务局作出土地增值税清算审核结论，对在建工程转让方已经计算扣除及加计扣除的基数部分，不予重复计算及加计，符合税收法律规定。
《中华人民共和国税收征收管理法》第三条规定，任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。“税收法定”的主要内容体现在税收要素法定。税收要素，具体包括征税主体、纳税主体、征税对象、税率、纳税环节、纳税期限和地点、减免税、税务争议以及税收法律责任等内容。税收要素是税收关系得以具体化的客观标准，是其得以全面展开的法律依据。
本案中争议的计算扣除及加计扣除事项，属于纳税环节及减免税等要素，行政机关须严格遵循法律授权以及“法无授权不可为”的基本行政法原则。根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，计算增值额的扣除项目包括“财政部规定的其他扣除项目”。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。细则第七条第（三）款规定，开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。细则第（六）款规定，根据条例第六条（五）项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）（二）项规定计算的金额之和，加计百分之二十的扣除。
根据以上条例及细则规定，准予计算扣除以及加计扣除的项目明确指向的是“取得土地使用权所支付的金额”“开发土地和新建房及配套设施的成本（房地产开发成本）”，并不含“在建工程转让支付的对价”。该在建工程整体转让能否重复加计、计算扣除争议事项为“税收法定”事项范围，应按照法律规定、国务院行政法规规定执行，或由国务院授权财政部、国家税务总局进行解释、细化及明确。在财政部、国家税务总局尚未制定规范性文件对该事项予以明确或进行解释前，均应当按照《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及实施细则的规定执行办理，其他省市、自治区税务机关也未突破条例及细则规定范围，均采用已加计及计算扣除的，在清算中不得再次重复加计及计算。因此，根据税收法定原则及法无授权不可为的行政法基本原则，经开区税务局不得超出条例及细则的规定范围，擅自将上诉人主张的在建工程转让价款准予计算和加计扣除。
3.本案系上诉人整体购买原开发主体山水公司在建工程后，投入资金进行继续建设。根据前述法律规定，对购入在建工程时支付的价款允许计入扣除项目，但在在建工程转让环节，已计入房地产开发费用按10%计算扣除和以20%加计扣除的基数部分不予重复计入本次基数。原因系上诉人取得在建工程之前，原开发主体山水公司已经按照条例以及实施细则的规定，对符合加计扣除及计算扣除项目进行了扣除，上诉人取得在建工程的成本不应在本次清算中进行重复加计扣除，否则会造成土地增值税清算的重复扣除，导致一个项目享受两次特别税收调整，造成国家税款流失。
根据《国家税务总局云南省税务局关于土地增值税征管若干事项的公告》（云南省税务局2020年×号公告），土地增值税清算对象是以工规证明确的项目为一个清算对象。因此在同一个清算对象中，此类特殊税收待遇的事项只应该享受一次。如果突破条例及实施细则规定，允许在建工程转让后，不断重复加计及计算扣除的，则事实上通过人为设置在建工程转让环节，甚至通过多次转让的方式，人为增加重复加计及计算扣除项目，从而侵蚀土地增值税税基，导致整个土地增值税征管的混乱，损害国家税款征管秩序。因此，在本次土地增值税清算过程中，对山水公司在转让该项目申报缴纳土地增值税时，已计入房地产开发费用按10%计算扣除和以20%加计扣除的基数部分不予重复计入本次基数符合法律规定。
二、一审判决对上诉人提出的“省、市统一口径”要求附带合法性审查不予准许符合法律规定。
首先，经开区税务局作出行政行为的依据是《中华人民共和国土地增值税暂行条例》《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》以及国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发〔2009〕91号）等法规、规章及规范性文件，在经开区税务局作出的本案被诉行政行为即昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》中，已经清楚载明法律依据，并不涉及任何的统一口径等依据。
其次，上诉人认为的“省市统一口径”，事实上是在本案被诉《税务事项通知书》作出前，经开区税务局的其他过程性行政行为中，工作人员对条例及实施细则的政策理解与适用的说明，其本身不存在规范性文件形式，也无实质的规范性文件内容，经开区税务局作出行政行为的依据未超出条例、实施细则及总局清算规程的范围，未将不存在的统一口径作为行政行为依据。因此一审判决对此附带审查申请不予准许，符合法律规定。
综上所述，经开区税务局作出《税务事项通知书》（文号：昆经税税通〔2023〕×号）的土地增值税清算审核行政行为事实清楚、证据充分、适用法律正确、符合法定程序。一审判决认定事实清楚、适用法律正确，上诉人上诉请求不能成立，请人民法院查明事实，依法驳回上诉人上诉请求。
被上诉人市税务局答辩称，
一、市税务局具有作出昆税复决字〔2024〕×号《行政复议决定书》的法定职权。
上诉人因不服经开区税务局作出的昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》向市税务局申请行政复议。经开区税务局是区级税务局，市税务局是其上一级税务局。根据《中华人民共和国行政复议法》第二十七条“对海关、金融、外汇管理等实行垂直领导的行政机关、税务和国家安全机关的行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议”及《税务行政复议规则》（国家税务总局令第44号修正）第十六条第一款“对各级税务局的具体行政行为不服的，向其上一级税务局申请行政复议”的规定，市税务局有权受理上诉人不服经开区税务局行政行为的复议申请，并依法审查后作出行政复议决定。
二、市税务局作出昆税复决字〔2024〕×号《行政复议决定书》符合法定程序。
2024年3月28日，市税务局收到上诉人提交的《行政复议申请书》等申请行政复议所需资料，于2024年3月28日作出昆税复受字〔2024〕×号《行政复议受理通知书》，并于同日送达上诉人。2024年4月2日，市税务局向经开区税务局送达了昆税复答字〔2024〕×号《行政复议答复通知书》，要求经开区税务局在收到行政复议申请书副本之日起10日内作出书面答复，并提交当初作出该具体行政行为的证据、依据和其他有关材料。2024年4月15日，经开区税务局向市税务局提交了行政复议答复书及相关证据资料，后上诉人查阅了经开区税务局的行政复议答复书和相关材料，并提交了《云南某某公司关于行政复议答复书的陈述意见》。2024年5月23日，因案件情况复杂，经依法审批，市税务局作出昆税复延字〔2024〕×号《延期审理通知书》，并于同日送达上诉人，于2024年5月24日送达经开区税务局。2024年5月29日，市税务局听取了当事人意见，并制作了《听取当事人意见笔录》。2024年6月24日，市税务局经依法调查和审理，作出案涉昆税复决字〔2024〕×号《行政复议决定书》，决定维持经开区税务局作出的昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》。于2024年6月26日送达上诉人，于2024年6月28日送达经开区税务局。综上，市税务局昆税复决字〔2024〕×号《行政复议决定书》系根据《中华人民共和国行政复议法》及其实施条例、《税务行政复议规则》之规定，依照法定程序作出，并无不当。
三、市税务局作出的昆税复决字〔2024〕×号《行政复议决定书》认定事实清楚，适用法律依据正确。
市税务局在行政复议中经审理查明，经开区税务局于2023年4月3日向上诉人送达昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》（土地增值税清算通知），2023年11月7日向其送达昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》，告知其审核发现“整体收购在建工程，继续开发建设再销售的项目，在土地增值税清算时关于成本的认可问题”，2023年12月1日，经开区税务局召开某某小区C10-1#地块项目税企交换意见现场座谈会，就审核调整事项听取上诉人意见。山水公司于2019年7月10日申报某某小区C10#地块土地增值税，对取得土地使用权所支付的金额已作为“房地产开发费用”按10%计算扣除，同时已作为“财政部规定的其他扣除项目”加计20%扣除的基数。经开区税务局于2023年12月15日送达昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》，告知上诉人某某小区C10-1#地块项目审核结论，上诉人于2024年3月14日缴纳土地增值税71,019,579.23元，后复议至市税务局。市税务局经审理认为，本案争议点在于土地增值税清算时，对于房地产开发企业受让在建工程后投入资金完成建设并销售，为购买该项目所支付的价款和按国家统一规定交纳的有关费用在上一转让环节已作为房地产开发费用和财政部规定的其他扣除项目加计扣除的计算扣除基数，受让方能否重复计算、加计扣除问题。《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则并未规定允许房地产开发企业因受让取得在建工程所支付的金额作为“房地产开发费用”计算扣除的基数，也未规定允许房地产开发企业因受让取得在建工程所支付的金额作为“财政部规定的其他扣除项目”加计扣除的基数，而国家税务总局、云南省税务局目前没有相关规范性文件对该问题予以明确。经开区税务局按照法无授权不可为的依法行政原则，对上诉人受让未竣工决算的某某小区C10-1#地块项目，投入资金继续建设完成、销售后达到土地增值税清算条件，在土地增值税清算审核时，对上诉人受让购买该项目所支付的金额已给予扣除，但对转让方山水公司在转让该项目申报缴纳土地增值税时，已作为按10%计算扣除房地产开发费用的部分不再重复作为上诉人该项目“房地产开发费用”计算10%扣除的基数，对转让方山水公司已作为“财政部规定的其他扣除项目”加计20%扣除的部分也不再重复作为上诉人该项目“财务部规定的其他扣除项目”加计20%扣除的基数，符合《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则的规定。市税务局遂依据《中华人民共和国行政复议法》第六十八条“行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据正确，程序合法，内容适当的，行政复议机关决定维持该行政行为”之规定，作出案涉行政复议决定书，决定维持经开区税务局作出的昆经税税通〔2023〕×号《税务事项通知书》的行政行为，认定事实清楚，符合法律规定。
四、一审认定事实清楚，适用法律正确，上诉人的主张无法律和事实依据，不能成立。
（一）关于受让在建工程的成本能否作为房地产开发费用在计算土地增值税时扣除。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第六条规定，“计算增值额的扣除项目：（一）取得土地使用权所支付的金额：（二）开发土地的成本、费用；（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；（四）与转让房地产有关的税金；（五）财政部规定的其他扣除项目。”《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，“条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房增开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房增开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、‘三通一平’等支出。建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的5%以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的10%以内计算扣除。上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。（六）根据条例第六条（五）项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和，加计20%的扣除。”以上规定明确了土地增值税清算中计算增值额的扣除项目是取得土地使用权所支付的金额和开发成本、费用。而本案中，上诉人受让的是在建工程，而非取得土地使用权，对上诉人受让该项目的金额在土地增值税清算审核时已予扣除，且在建工程转让方山水公司已于2019年7月10日申报某某小区C10#地块土地增值税时，将取得土地所有权支付的金额作为“房地产开发费用”按10%计算扣除，也作为“财政部规定的其他扣除项目”加计20%扣除的基数。现行法律法规均未规定允许房地产开发企业因受让取得在建工程支付的金额可作为“房地产开发费用”计算扣除的基数及“财政部规定的其他扣除项目”加计扣除的基数，云南省、昆明市目前也无相关规范性文件对此问题予以明确。“法无授权不可为”是行政机关依法行政的基本原则，《中华人民共和国税收征收管理法》第三条“税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定”亦明确了税务机关进行税收征收管理须按照法律的规定或授权执行。
故，在法律法规无明确规定，云南省、昆明市也无相关规范性文件的情况下，对转让方已作为“房地产开发费用”计算10%扣除、“财务部规定的其他扣除项目”加计20%扣除的部分不再重复作为上诉人相关部分扣除的基数符合《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则的规定。一审法院认定事实清楚，适用法律正确，并无不当。
（二）关于上诉人提出的附带规范性文件合法性审查。
首先，上诉人在案涉文书作出过程及本案审理过程中，均未明确“全市统一口径或全省统一口径”的具体内容，一审法院不予准许合法性审查认定事实清楚，适用法律正确。其次，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》第一百四十六条规定，“公民、法人或者其他组织请求人民法院一并审查行政诉讼法第五十三条规定的规范性文件，应当在第一审开庭审理前提出；有正当理由的，也可以在法庭调查中提出。”上诉人在一审开庭审理前、法庭调查结束前均未提出对规范性文件的合法性审查，其提出对规范性文件审查的时间节点超过法定期限，其申请也不应准予，一审法院不予准许其申请并无不当。
综上所述，市税务局具有作出案涉行政复议决定书的法定职权，且程序合法，认定事实清楚，适用法律正确。上诉人的诉讼主张无相关事实及法律依据，不能成立，一审法院认定事实清楚，适用法律正确。请求依法查明案情事实，驳回上诉，维持原判。
二审期间，各方当事人均未提交新证据。经二审审查，对一审判决认定的案件事实予以确认。
本院认为，本案系行政相对人不服行政机关对其作出的税务事项通知及复议机关维持原行政行为的复议决定而提起的行政诉讼。一审判决对案涉法律关系和各诉讼主体资格的认定符合法律规定。
一、本案的审理对象。
上诉人诉请指向的具体行政行为为经开区税务局作出的《国家税务总局昆明经济技术开发区税务局税务事项通知书》（昆经税税通〔2023〕×号，以下简称“×号通知书”）及市税务局作出的《国家税务总局昆明市税务局行政复议决定书》（昆税复决字〔2024〕×号，以下简称“×号复议决定”）。×号通知书的内容为土地增值税清算审核结论的通知，即本案的审理对象为土地增值税清算过程中，税务机关的审核行为以及产生纳税争议后上一级税务机关的行政复议行为，此时，当事人提出的具体纳税争议问题是判断税务机关审核行为合法性的切入点，也是判断×号通知书认定事实是否清楚、适用法律是否正确的基础。故本院将就×号通知书及×号行政复议决定结合当事人的纳税争议实质问题进行合法性审查。
二、纳税争议问题。
（一）抽象的争议问题。
根据双方当事人的诉辩意见及一、二审庭审调查，双方纳税争议问题可抽象为：房地产开发企业整体购入在建工程后，继续投入资金开发建设，在竣工并完成销售后，进行土地增值税清算时，就在建工程转让方整体转让未竣工决算房地产开发项目并进行土地增值税清算时已就取得土地使用权所支付的金额及开发成本按10%计算扣除房地产开发费用及按20%加计扣除的基数部分，作为受让方的房地产开发企业能否主张再次计入基数进行计算扣除和加计扣除。
（二）结合法律、法规的规定对该争议问题进行明确和细化。
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（以下简称“土增税条例”）第六条规定，计算增值额的扣除项目：（一）取得土地使用权所支付的金额；（二）开发土地的成本、费用；（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格；（四）与转让房地产有关的税金；（五）财政部规定的其他扣除项目。《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（以下简称“实施细则”）第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：（一）取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑安装工程费。基础设施费，包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府规定。（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。（五）与转让房地产有关的税金，是指在转让房地产时缴纳的营业税、城市维护建设税、印花税。因转让房地产交纳的教育费附加，也可视同税金予以扣除。（六）根据条例第六条（五）项规定，对从事房地产开发的纳税人可按本条（一）（二）项规定计算的金额之和，加计百分之二十的扣除。根据上述规定，土地增值税增值额的扣除项目包括取得土地使用权所支付的金额、开发成本、开发费用、旧房及建筑物的评估价格、与转让房地产有关的税金、加计扣除。
本案中，双方争议指向开发费用和加计扣除两个项目的计算基数问题，即土增税条例第六条第二、三项中的开发费用及第五项、实施细则第七条第三项（采取上限计算法）及第六项的计算基数问题，核心在于在建工程转让方在土地增值税清算时已用于计算开发费用和加计扣除两个项目金额的计算基数能否在受让方土地增值税清算时再分别计入开发费用和加计扣除两个项目的计算基数。
三、对开发费用扣除和加计扣除计算基数的认识问题。
（一）现行法律、法规及属地规范性文件并无细化规定。
土增税条例第六条和实施细则第七条对土地增值税的扣除项目、内容和计算方式进行了规定，但并未细化到在建工程转让后受让方扣除项目基数核定这一具体情形，而国家税务总局、云南省税务局、昆明市税务局目前没有以规范性文件的形式对该问题予以明确。在此情形下，确定扣除政策的适用范围、计算基础的核定原则应通过对现行法律法规的理解结合收税实践予以确定，并以此指导案涉建设工程受让方土地增值税的清算思路。
（二）允许就同一基数二次计算开发费用扣除和加计扣除的观点不能融入现行土地增值税法律规范体系。
1.不符合土地增值税的设立目的和历史背景。
土地增值税是对在中国境内转让房地产并取得收入的单位和个人征收的一种税。1986年6月25日，第六届全国人民代表大会常务委员会第十六次会议通过《中华人民共和国土地管理法》。1987年，我国对土地使用制度进行改革，实行国有土地有偿出让和转让后，促进了房地产业发展和房地产市场的建立，对提高土地使用效益、增加国家财政收入等产生了积极作用。但由于土地管理的各项制度滞后与行政管理上的偏差，实践中出现了一些问题，特别是1992年、1993年上半年部分地区出现了房地产高温，炒买炒卖地皮的情况，房地产开发企业从中牟取暴利，造成了国家土地增值收益的流失。为了适应市场经济发展的新形势，增强国家对房地产开发和房地产交易市场调控的需要；抑制炒买炒卖土地获取暴利的行为，保护正当房地产开发的发展；规范国家参与土地增值收益的分配方式，增加国家财政收入，土地增值税遂于1994年开征。
土地增值税开征的直接目的是抑制通过炒买炒卖土地来投机获取暴利行为，加强对房地产开发和房地产市场的规范和管理，参与土地增值收益的分配、增加财政收入。在制度设计中，高额累进税率针对快进快出的投机行为有效压缩利润空间；项目清算制度堵住通过财务手段分散利润、逃避税收的漏洞；加计扣除政策使真实开发建设行为的回报相对更高，引导资金流向实体开发。
结合土地增值税的设立目的和土增税条例及实施细则的立法及修订背景，土地增值税中增值额扣除项目的拟制目的也在于鼓励正常房地产开发、抑制土地投机行为和保障税收公平，各扣除项目均体现了对房地产开发企业真实开发行为的鼓励，如允许在建项目受让方对转让方已实际用于计算扣除项目金额的基数二次纳入基数范围并据以计算开发费用扣除和加计扣除金额，事实上会导致对同一笔成本的两次扣除，超出了对房地产开发企业实际开发行为的补偿范畴。
2.易导致税收征管漏洞、增加税收征管成本
。如允许在建工程受让方对转让方已实际用于计算开发成本和加计扣除项目金额的基数二次纳入基数范围并据以计算受让方开发费用扣除和加计扣除金额，且不限制在建工程转让的次数和方式，必然导致土地增值税清算时无法限制对同一成本的加计扣除及开发费用计算扣除的次数，则经营主体可以人为设置在建工程转让环节，通过多次转让的方式，无限增加加计扣除及计算扣除的轮次，从而侵蚀土地增值税税基，导致土地增值税征管的混乱，损害国家税款征管秩序。如要避免上述征管漏洞，则需税务机关对转让方和受让方的每笔交易进行更为复杂的监管和审核，一方面增加了税收征管的难度和成本，另一方面也会损害和限制在建工程转让交易的便利性和灵活性。
3.客观上扩大了扣除政策的适用范围。
税收法定原则是税法的基本原则之一。土地增值税清算中，拟制开发费用的计算扣除方式的目的在于通过计算扣除，将复杂的房地产开发费用（销售费用、管理费用、财务费用）通过上限计算扣除方式予以简化，减轻纳税人与该部分房地产开发费用相关的繁复的资料、凭证、证据的收集、整理、提交工作，简化税收征管环节。而加计扣除是通过确定一定比例的加计扣除金额的方式，达到对应缴税款减免的效果。该两项扣除政策的设置均体现了对纳税人税负和纳税义务的优惠性倾斜，在土增税条例及实施细则未明确规定允许就同一成本二次计算开发费用扣除和加计扣除时，税务机关若在实际征管过程中允许此类情形的扣除，则实际上扩大解释了扣除政策的适用范围，可能影响税负公平。
4.多地税收实践否定就同一成本二次计算开发费用扣除和加计扣除的观点。
根据《国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法》《浙江省地方税务局关于土地增值税若干政策问题的公告》《天津市地方税务局关于土地增值税清算有关问题的公告》《南宁市地方税务局关于土地增值税清算有关政策问题的公告》等地方政府税务局发布的管理办法和政策解读，多省、市对于整体购入在建工程后继续投入资金开发建设并进行土地增值税清算时，对于受让方购入在建工程时支付的价款允许计入扣除项目，但在建工程转让方转让在建工程并进行土地增值税清算时，已就取得土地使用权所支付的金额及开发成本按10%计算扣除房地产开发费用，及按20%加计扣除的基数的部分，均不允许重复计入受让方申报基数进行计算扣除及加计扣除。上述观点系各地税务机关在现行法律法规规定下作出的理解与适用和具体税收征管实践，与本案中经开区税务局就案涉税收争议问题的认识及对本案土地增值税的清算思路一致。
5.本地就该问题的税收征管实践稳定且统一。
上诉人在一、二审中均提出，根据经开区税务局处理案涉土地增值税清算过程中形成的讨论记录、会议记录以及经开区税务局、市税务局的答辩意见、庭审陈述等，其推论×号通知书系依据“省或市统一口径”作出，并提出规范性文件附带审查的申请。根据审理查明的事实，云南省及昆明市税务机关均无规范性文件对同一成本的二次计算开发费用扣除和加计扣除问题在土增税条例及实施细则的基础上作出进一步的规定。税务机关指称的“省、市统一口径”在性质上系属地税务机关对土增税条例及实施细则的理解与适用及相关税务征管实践，故本案中不存在待审查的规范性文件。在属地税务机关对法律法规的理解与适用认识统一、相关税务征管实践稳定的情况下，就本案的处理，本院将在合法性审查框架内，以合法性优先，尊重稳定实践、促进规则统一为原则。
综上，经从土地增值税的设立目的和历史背景、土增税条例及实施细则相关条款的理解与适用、各地税收征管实践等角度分析，经开税务局及市税务局对同一成本的二次计算开发费用扣除和加计扣除问题的理解和法律适用符合立法目的解释且与多地税收征管实践统一，本院予以采纳，
上诉人主张在建工程转让方计算开发费用扣除和加计扣除的基数可再次计入受让方对应土地增值税扣除项目的基数的理解显然会造成收税征管漏洞，与普遍的税收征管实践不符，本院不予采纳。
此外，建设工程转让方和受让方就税款的承担问题可在转让交易中进行规划，将该问题交由交易双方协商决定较之就同一成本重复计算土地增值税扣除金额进而侵蚀税基更为合理。
四、×号通知书及×号复议决定的合法性。
根据前述分析评判理由经开税务局对双方税收争议问题的理解和法律适用符合立法目的解释且与普遍的税收征管实践统一，经开税务局根据该理解在对案涉房地产开发项目土地增值税清算事宜审核的过程中，对相应项目予以分类调整、对申报金额予以调减并无不当。经开税务局在土地增值税清算过程中听取纳税义务人观点并与纳税义务人交换意见，保障了纳税义务人陈述申辩的权利，在×号通知书中明确告知纳税争议的救济渠道，行政行为的作出程序亦无不当。进而，×号复议决定书认定事实及适用法律亦无不当，各方当事人对复议程序的合法性无争议。故经开区税务局案涉土地增值税清算的审核行为和市税务局的行政复议行为认定事实清楚、适用法律正确、符合法定程序。
此外，结合当事人双方的诉辩意见、庭审陈述及一审裁判文书，一审判决对本案审理内容和核心争议的处理正确。至于，行政案件是否提级审理由法院依职权审查决定，本案不属于最高人民法院《关于加强和规范案件提级管辖和再审提审工作的指导意见》明确的应报请上一级人民法院审理之情形，故一审法院未报请提级审理亦无不当。
综上所述，上诉人的上诉请求没有事实及法律依据，本院不予支持；一审判决认定事实清楚，适用法律正确，应予维持。据此，本院依照《中华人民共和国行政诉讼法》第八十九条第一款第一项、第一百零二条之规定，判决如下：
驳回上诉，维持原判。
二审案件受理费50元，由上诉人云南某某公司负担。
本判决为终审判决。
审判长 沈 男
审判员 谢海玲
审判员 黄 红
二〇二五年十月十三日
书记员 蒋佩津
文章来源：陈章亮 逢诚律税
