房地产企业在进行项目开发时，会涉及到很多合同的签订，如在购地环节的土地出让合同、项目开发建设阶段的各类工程合同（总包合同、设计合同、咨询服务合同、材料设备采购合同监测检测合同等）、以及项目销售时的售房合同。这些合同缴纳的印花税是否都可以在土增清算前扣除？根据土增税暂行条例和实施细则，与转让房产有关的印花税可以在土增税前扣除。在财会[2016]22号文出台前，房企缴纳的印花税都通过“管理费用”科目核算，参考财税字[1995]48号文第九条的规定，房企缴纳的印花税在土增清算时已在“开发费用”项目按比例计算扣除，因此不得再在“与转让房地产有关税金”中扣除；而非房企缴纳的印花税则可以在土增税前扣除与转让房产有关的印花税，这也是当时各地普遍的执行口径。
财会[2016]22号文出台后，印花税不再由“管理费用”科目核算，而是统一由“税金及附加”科目核算。
同步参考《广东省税务局土地增值税清算管理规程》（国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号）的规定，房企已缴纳的印花税通过“管理费用”核算的，按照开发费用的规定计算扣除；通过“税金及附加”核算的，在计算土地增值税时可以在“与转让房地产有关税金”中扣除。依据这些政策，大家的理解都是在财会[2016]22号文出台后，与房产转让有关的印花税还可以单独在“与转让房地产有关税金”中扣除。
上面的理解其实会出现一个问题，会出现由于印花税入账科目的不同，从而引起印花税土增税前扣除额的不同。在22号文出台前，大家的理解是房地产企业的缴纳的印花税不管是属于工程类合同还是售房类合同，不区分类别，全都不可以单独在土地增值税税前扣除，只能在开发费用中计算扣除；22号文出台后，及结合广东省最新的土增税清算管理规程的规定，计入“税金及附加”科目的转让房产相关的印花税，如售房合同印花税，可以在土增税前单独扣除。如不考虑财务费用的据实扣除，房企开发费用都是根据土地成本和开发成本之和的10%计算扣除，假如土地成本和开发成本金额不变的话，开发费用扣除金额也是固定的。但这样的理解，就会出现由于印花税入账科目的不同，即由原先的“管理费用”科目变为入“税金及附加”科目，导致房企可以将计入“税金及附加”科目的与转让房产有关的印花税单独在“与转让房地产有关税金”中扣除，相比于22号文之前就多扣除了这部分的印花税。但《土地增值税暂行条例》及实施细则、财税字[1995]48号文关于与转让房产有关的税金，包括印花税，可以在土增税前扣除的规定并未发生改变。因此，笔者认为，企业账务处理是根据《会计准则》及相关规定进行处理的，涉税处理是依据税收政策，不能因为账务处理的不同而导致涉税处理的改变，账务处理和税务处理应该是两条平行的线。因此，不管财会[2016]22号文是否出台，不管印花税入账“管理费用”科目还是入账“税金及附加”科目，只要税收政策不变，根据规定，与转让房产有关的印花税（售房合同印花税）都是可以在土地增值税税前通过“与转让房产有关的税费”单独扣除的，而其他的购地合同印花税、或是其他的工程类合同印花税，则在开发费用中计算扣除。以上是笔者的一点理解，不当之处望指正。同时也建议企业将购地合同印花税、各类工程合同印花税及售房合同印花税区分核算， 避免由于无法区分而导致土增税前扣除的风险。
