根据《四川省地方税务局、四川省财政厅关于土地增值税征管问题的公告》（四川省地方税务局公告2010年第1号），自2010年10月11日起，此文中第三条废止。

各市、州地方税务局，省局直属分局、稽查局，各扩权试点县、市地方税务局：
        现将《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）转发给你们，并补充通知如下，请一并贯彻执行。
        一、对符合清算条件的项目，主管地税机关应于发出《土地增值税清算受理通知书》（自定格式）之日起90日内完成清算审核工作（不含地税机关要求补正资料时间）。

        对符合清算条件但报送清算资料不全的房地产开发项目，主管地税机关应向纳税人出具《土地增值税清算补充材料通知书》（自定格式），纳税人应于收到通知书后15日内补齐清算资料并报送主管地税机关。

        二、属于既建造普通标准住宅，又建造其他商用房的房地产开发项目，纳税人应分别计算扣除项目金额、增值额和增值率，否则，其建造的普通标准住宅不得适用免税规定。

        对难以分别计算扣除项目金额的，应按普通标准住宅和其他商品房销售面积占销售总面积的比例进行分摊确定。

        三、[本条款失效]对符合核定征收土地增值税条件的，应按核定征收方式清算房地产项目土地增值税，其核定征收率应不低于各地确定的预征率。 

        四、对房屋销售价格明显偏低又无正当理由的，主管地税机关对其计税价格按下列方法和顺序确定：
        （一）按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定。
        （二）由主管地税机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价格确定。
        （三）由主管地税机关按当地政府部门公布的近期房地产转让市场指导价格确定。

        五、下列文件中有关条款停止执行
        （一）《四川省地方税务局关于下发<土地增值税征收管理暂行规定>的通知》（川地税发[1995]119号）中第二条第四款第四项“纳税人应于每个项目全部竣工、办理结算后的10日内，向主管税务机关进行清算申报。并经主管税务机关核实后，多退少补”。

        （二）《四川省地方税务局转发国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知的通知》（川地税发[2007]21号）中“对纳税人既建造普通标准住宅，又建造其它商品房的，应分别计算增值额。增值额计算方法为：先按核算项目整体计算增值额和增值率，确定相应税率后，再按销售（面积）比例分别计算增值额”。

        六、自2009年6月1日起受理的清算项目按《土地增值税清算管理规程》及上述补充规定执行。
        各级主管地税机关应加大清算工作力度，对应清算未清算的项目要尽快按照本通知要求进行清算，正在清算的项目要加快进度，清算完毕的项目，要尽快作出清算审核结论，结清税款。各市、州地税局要加大对土地增值税清算工作的指导和督促检查，确保清算工作顺利开展。