土地增值税清算：从两起上市公司补税案看“扣除关”与“尾盘关”

2026年2月和4月，两家上市公司先后公告了土地增值税清算的结果：一家因子公司清算申报“多计扣除项目金额”3.03亿元，被追缴税款9089.10万元、加收滞纳金3956.07万元；另一家项目清算后仍有6370.46万元税款未缴，另计滞纳金1932.23万元。两案的争点都不在税率，而在扣除项目能否站得住、预缴与清算的差额有没有结清。本文结合现行规定和2026年1月1日起施行的新口径，梳理清算中最容易出问题的环节。

一、两起补税案：问题不在税率，在“扣除”

2026年2月，上海城投控股股份有限公司公告，其全资子公司上海露香园置业有限公司收到《税务处理决定书》（沪税稽五处〔2026〕40号）：该公司2023年办理土地增值税清算申报时归集计算扣除项目不准确，多计扣除项目金额合计302970052.66元，据此追缴土地增值税90891015.80元，并自缴纳期限届满次日起按日加收万分之五滞纳金约3956.07万元，合计约1.3亿元。

同年4月，茂业商业股份有限公司公告，“茂业豪园”项目清算后应缴土地增值税20230.63万元、已缴13860.17万元，未缴6370.46万元，另计滞纳金1932.23万元。

值得注意的是，扣除项目一旦被调减，税基的回补并非“一元对一元”：细则第七条规定，利息支出不能按项目分摊或不能提供金融机构证明的，开发费用按土地价款与开发成本之和的10%以内扣除；从事房地产开发的纳税人还可按上述两项之和加计20%扣除。多计1元开发成本，扣除合计可放大至1.30元。露香园案追缴税款恰为多计金额的30%，对应最低一档税率；增值率越高，放大效应越明显。

二、扣除项目被调减的四道关口

凭证关。国税发〔2006〕187号第四条第（一）项要求，扣除项目须提供合法有效凭证，不能提供的不予扣除；国税发〔2009〕91号第二十一条第（一）项进一步明确，实际发生但未取得合法凭据的支出不得扣除。

实际发生关。187号文明确，预提费用除另有规定外不得扣除；国税函〔2010〕220号第二条明确，工程竣工后扣留的质量保证金，施工方已开具发票的按发票金额扣除，未开票的不得扣除。

归集关。91号规程要求扣除项目准确归集、不得混淆：不得将房地产开发费用计入土地价款或开发成本（第二十二条至第二十四条）；自购建材费用不得重复计算（第二十五条）；总部管理费用不得计入开发间接费用（第二十六条）。

分摊关。91号规程第二十一条第（五）项要求按受益对象、采用合理方法分摊共同成本；187号文第四条第（五）项规定，多个项目共同的成本费用按清算项目可售建筑面积占比或其他合理方法计算。公共配套按187号文第四条第（三）项分三种情形：产权属全体业主所有、或无偿移交政府及公用事业单位的，成本费用可扣除；有偿转让的，计收入并扣成本。

三、清算单位与分别计算：争议最大的“分母”

187号文第一条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位清算，分期开发的以分期项目为单位；同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。91号规程第十七条把“是否以审批、备案的项目为单位清算”“是否分别计算增值额”列为审核必查事项，第三十六条要求各期清算方式保持一致。

清算单位划得过粗，低增值与高增值相互抵补，税负下降；划得过细，高增值部分单独适用高税率，税负上升。因此企业多主张整体清算，税务机关则按分期、按类型分别计算。清算单位取决于立项、规划审批与分期竣工备案的客观事实，不能为降低税负自行合并或拆分；部分地区已明确以《建设工程规划许可证》确定的分期建设项目作为清算单位。

四、3号公告统一了八处口径

2026年1月1日起施行的《国家税务总局关于土地增值税若干征管口径的公告》（国家税务总局公告2026年第3号，以下简称“3号公告”），针对各地反映集中的口径差异明确了八个事项。尚未出具清算受理通知书的项目按新公告执行，已出具受理通知书的仍按原规定执行。

预征环节两处。申报起始时间为项目首张预售许可证（或现售备案证书）发证当日；截止时间为受理清算申报时的前一预征税款所属期终了之日。计税依据改为：计征依据＝预收款÷（1＋增值税适用税率或征收率），取代原“预收款－应预缴增值税税款”，2016年第70号公告第一条第二款同时废止。以预收款1090万元、一般计税9%为例（示例）：原口径1060万元，新口径1000万元；按1.5%预征率，预缴税款由15.9万元降至15万元。

清算环节三处。收入与销售面积的归集截止时间，同为受理清算申报时的前一预征税款所属期终了之日。项目规划范围外为政府建设公共设施的支出，凡在土地出让合同或其补充协议中与县级以上政府或其部门约定的，可计入“取得土地使用权所支付的金额”扣除——“合同约定”是硬条件。转让房地产缴纳的印花税计入“与转让房地产有关的税金”扣除，地方教育附加视同税金扣除。

尾盘环节三处。受理清算后再转让的，按尾盘销售方式申报、按季缴纳；受理前一所属期终了后至出具清算审核结论期间取得的收入，在结论出具后首个申报期内统一申报。尾盘单位建筑面积扣除项目金额不含清算时已扣税金，尾盘税金据实扣除，即审核确定的扣除项目金额合计÷相应类型可售建筑面积。普通标准住宅按“当期”增值额判断，未超过扣除项目金额20%的可申报免税，超过的按规定缴纳。

五、把功夫下在清算之前

一是做扣除项目体检。按凭证、实际发生、归集、分摊四项逐笔自查，重点看无票支出、预提费用、未开票质保金、总部费用挤入开发间接费用等常见问题。

二是建三级台账。按“项目—分期—类型”归集收入、成本与面积，避免清算时临时拆分。

三是切换预征口径。2026年起预征计税依据按新公式计算，应核对已申报数据；尾盘按季建立销售台账，单独核算税金。

四是把争议前置。备齐出让合同及补充协议、立项与规划批文、竣工决算与工程结算、测绘面积等资料，就清算单位划分、成本分摊方法尽早与主管税务机关沟通。清算是一场资料战，胜负往往在申报之前就已决定。

政策依据（引用文件目录）

1.《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令第138号）第二条、第六条至第八条及其实施细则（财法字〔1995〕6号）第七条

2.《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第一条、第四条

3.《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发〔2009〕91号）第十七条、第二十一条至第二十七条、第三十六条

4.《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第二条

5.《国家税务总局关于营改增后土地增值税若干征管规定的公告》（国家税务总局公告2016年第70号）第一条

6.《国家税务总局关于土地增值税若干征管口径的公告》（国家税务总局公告2026年第3号）第一条至第九条

7.《国家税务总局关于降低土地增值税预征率下限的公告》（国家税务总局公告2024年第10号）

8.上海城投控股股份有限公司《关于子公司收到〈税务处理决定书〉的公告》（2026-003号）；茂业商业股份有限公司《关于应缴税款的公告》（临2026-020号）

9.《中华人民共和国税收征收管理法》第三十二条

资料来源：国家税务总局官网政策法规库（fgk.chinatax.gov.cn）、中国税网政策解读、上海证券交易所及《上海证券报》上市公司公告。本文为政策解读文章，具体业务处理请以现行有效的法律法规及主管税务机关规定为准。

 文章来源：税知到