无偿移交有产权的配建房其土地增值税如何处理，一直是老大难问题。根据《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）项规定，企业无偿移交配建房，视同企业为获取土地而支付的对价，所有权发生转移时应视同销售，但视同销售确认的收入金额不得同时确认为成本。
例如厦门市税务局在2020年7月23日答复纳税人提问时明确：“《关于市土地管理委员会2017年第三次会议的纪要》（厦门市土地管理委员会专题会议纪要〔2017〕3-2号）以及《土地增值税暂行条例》第九条第三项规定，纳税人办理土地增值税清算时，无偿移交给政府部门或其指定的单位的开发产品按照建安成本确认转让房地产取得的收入，但按照视同销售确认的收入金额不得同时作为“取得土地使用权所支付的金额”或“房地产开发成本”。此处‘建安成本’是指经税务机关清算审核或税务检查后确认的单位可售建筑面积建筑安装工程费。”需要说明的是，“按照建安成本确认转让房地产取得的收入”属于厦门税务局的特殊规定，类似的还有《广东省“三旧”改造税收指引（2019年版）》（粤税发〔2019〕188号）对配建房的相关规定，“应视同销售确认收入，同时将此确认为取得土地使用权的成本，在计算土地增值税时予以扣除”；在这里，广东税务机关把企业无偿移交配建房等同于《关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函〔2010〕220号）第六条第（一）项中房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的情形。尽管以上两个地方口径均有利于减轻企业的税收负担，但是其他区域的企业很难适用。另外，既然配建房是企业为获取土地而支付的对价，原则上与配建房相关的所有成本均应计入土地成本，《国家税务总局山东省税务局土地增值税清算管理办法》（山东省税务局公告2022年第10号）第二十九条第（一）项第4目明确：“……建设配建房发生的建筑安装工程费，作为土地成本在土地增值税清算中予以扣除”，因此，计入土地成本的还应包括其他五大成本。
